Les relations avec Octave s'enveniment de nouveau en -32 et l'affrontement devient inévitable. Nul doute qu'Octave craint Marc Antoine et sa popularité, encore forte au Sénat, mais le triomphe d'Antoine en -35 et la désignation de Ptolémée XV/Césarion comme roi des rois lui font envisager un danger plus vaste encore. Après tout, ce jeune homme est le seul fils de César, et il pourrait un jour lui venir l'idée, si les circonstances s'y prêtent, de venir réclamer son héritage paternel. Aussi Octave va s'employer à dénigrer Marc Antoine par tous les moyens et surtout Cléopâtre, l'Égyptienne, celle qui le tient sous ses charmes et qui l'oblige à des abandons qu'Octave estime désastreux pour Rome. La plupart de ces accusations sont de mauvaise foi et de la propagande auprès de l'opinion publique romaine mais sont aussi pour beaucoup à l'origine de la « légende noire » de Cléopâtre chez nombre d'auteurs antiques comme Sénèque et Pline l'Ancien. Cléopâtre est rendue responsable de la guerre et la propagande d'Octave n'hésite pas à affirmer qu'elle souhaite régner sur Rome.
La guerre voit l'Égypte fournir une part importante de l'effort de guerre, plus de 200 trières, ainsi que les royaumes alliés, à l'exception notable de l'habile Hérode qui visiblement fait le pari d'une victoire d'Octave. Il est vrai que c'est son intérêt car la reine d'Égypte lorgne sur son royaume depuis fort longtemps. Mais Marc Antoine, alors qu'il dispose des troupes les plus aguerries et de la supériorité numérique mène la guerre en dépit du bon sens, sans énergie et alors qu'Octave peine à constituer son armée il lui laisse le temps de s'organiser. De plus l'implication de Cléopâtre dans le conflit est mal perçue par les officiers qui entourent Antoine, en particulier les anciens républicains, assassins de César, qui se sont ralliés à lui. Ainsi Domitius Ahenobarbus refuse absolument de saluer Cléopâtre de son titre de reine et finit par faire défection. Cette hostilité viscérale de certains Romains à la monarchie, qui éloigne d'Antoine de nombreux hommes de valeur, n'est pas comprise par les historiens de culture grecque des siècles suivants, qui ne font guère la différence entre la dictature de César, le Triumvirat et le principe monarchique des autres peuples[42]. Cléopâtre connaît d'ailleurs cette hostilité et ne quitte pas Marc-Antoine de toute la préparation du conflit. Elle est présente à Éphèse, à Athènes puis à Patras. Plus lucide que les officiers d'Antoine, elle comprend fort bien qu'Octave ne la dénonce que pour mieux miner le prestige d'Antoine encore important au Sénat.
Octave n'est pas un grand chef de guerre mais il compte avec Agrippa, un officier compétent qui lui donne rapidement l'avantage. Lorsqu’éclate la bataille navale d’Actium (septembre -31), Cléopâtre anticipe rapidement l'issue finale de la guerre et rompt le combat avec sa flotte. Cette fuite, seul moyen de sauver ce qui peut l'être, est évidemment exploitée par Octave auprès des officiers et des hommes d'Antoine dont beaucoup changent d'allégeance.
Les derniers mois sont assez mal connus. Antoine retourne en Égypte et ne prend pratiquement aucune mesure pour lutter contre l'avancée de plus en plus triomphale d'Octave. Il consume ses forces en banquets, beuveries et fêtes somptueuses sans se soucier de la situation. Que fait Cléopâtre ? Les sources manquent. Certaines affirment qu'elle cherche à séduire Octave. L'anecdote est-elle crédible ? Difficile à dire. Il est probable que les charmes de la reine approchant de la quarantaine et après au moins quatre maternités avaient faibli. Il semble qu'elle ait surtout cherché à mettre Césarion à l'abri en l'expédiant à Méroé, au Soudan.
Vers août -30 Octave arrive à Alexandrie. À la fausse annonce du suicide de Cléopâtre, Marc Antoine met fin à ses jours en se jetant sur son épée. Mourant, il est transporté par Cléopâtre dans son propre tombeau. Celle-ci est conduite devant Octave, qui la laisse se retirer avec ses servantes. Cette attitude est curieuse de la part du futur Auguste car il semble ne prendre aucune précaution pour prévenir un suicide de la reine, dont il a pourtant besoin pour figurer à son triomphe. Craint-il qu'à l'instar de sa sœur Arsinoé, figurant au triomphe de Jules César en -46, elle n'inspire aux Romains que compassion plutôt que haine ? Il n'est pas impossible qu'Octave ait espéré le suicide de Cléopâtre, qui pouvait passer pour une lâcheté supplémentaire, accréditant la thèse défendue par sa propre propagande. Cela dit il est difficile de connaître la vérité. Suétone en effet affirme qu'Octave au contraire souhaite maintenir la reine en vie et qu'il tente de la faire sauver.
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